De nombreuses parties historiques de la ville de Bienne, mais aussi de plus récentes qui se distinguent par une architecture de qualité,  jouissent de la protection que leur apporte leur inscription à l’inventaire fédéral des sites construits d’importance nationale à protéger en Suisse (inventaire ISOS). Les bâtiments et installations qui, selon l’inventaire, sont particulièrement dignes de protection, méritent spécialement d'être conservés intacts ou en tout cas d'être ménagés le plus possible (art. 6 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN)).

Le chapitre 5.15 de l’EIE, pages 313 à 338, est consacré à la protection des caractéristiques du paysage et des sites bâtis. L’étude d’impact énumère les différentes atteintes à la structure urbaine existante qui doivent être compensées par une planification d’accompagnement du paysage urbain. Cette planification d’accompagnement fait l’objet d’un rapport complémentaire g-2.02 également mis à l’enquête publique. Il est recommandé à celles et ceux qui entendent motiver leur opposition par des arguments ayant trait à l’urbanisme de se plonger dans l’étude détaillée de ce rapport.  En outre, il serait utile de consulter le rapport g-2.01 (rapport sur la conception) qui contient de nombreuses photos. L’A5 favorise nécessairement une architecture des voies de communications carac -térisée par le béton qui ne plait pas à tout le monde et qui ne peut que partiellement faire l’objet de mesures de remplacement adéquates.

Des oppositions bien motivées au sujet des déficits urbanistiques du projet sont susceptibles d’influencer positivement les mesures d’accompagnement. On ne trouvera cependant dans ce domaine guère de raisons qui pourraient conduire à un refus d’approbation du projet.

Les objets recensés dans l’inventaire ISOS sont soumis à différents objectifs de sauvegarde. Seul l’objectif de sauvegarde A prévoit l’interdiction de démolir. Le chapitre 5.16, p. 339-362 de l’EIE énumère les objets dignes de conservation qui ne peuvent pas être conservés ou qui seront altérés lors de la construction de l’A5. L’EIE considère que l’intérêt à la construction de la route nationale est prépondérant. Néanmoins, la question de savoir s’il conviendrait de choisir des variantes  qui minimiseraient encore l’atteinte portée à ces objets reste posée, vu qu’en vertu de l’art. 6 LPN, ces objets doivent « en tous les cas » ménagés le plus possible.

Dans le rapport de l’EIE, chacun de ces objets est énuméré et décrit. Le propriétaire d’un bâtiment porté à l’inventaire des biens protégés ou celui qui habite à proximité d’un tel objet destiné à être démoli peut s’en plaindre par la voie de l’opposition.

La renonciation à la jonction Bienne-Centre permettrait de protéger plusieurs bâtiments protégés par leur inscription à l’inventaire.

L’inventaire des voies de communications historiques de la Suisse (IVS) protège notamment une partie de la route de Neuchâtel dans la région du Pasquart comme objet d’importance nationale. La construction de la demi-jonction Bienne-Ouest porterait fortement atteinte  à cet objet. Le rapport considère que l’intérêt à la route nationale est prépondérant. En renonçant à cette demi-jonction, on pourrait toutefois mieux sauvegarder des biens culturels importants ainsi que des arbres et des espaces vitaux protégés.
Selon les informations de « Axe ouest :pas comme ça ! », Patrimoine suisse, organisation de protection de biens culturels importants ayant qualité pour agir dans ce domaine, formera opposition.